Karol Jozef Wojtyla lahir pada 18 Mei 1920 di Wadowice, Polandia selatan. Ayahnya yang juga bernama Karol Wojtyla opsir tentara Kekaisaran Habsburg Austria dan ibunya Emilia Kaczorowska, keturunan Lituania. Ibunya meninggal pada 13 April 1929 ketika ia berusia delapan tahun.
Kakak perempuan Karol, Olga meninggal di waktu bayi sebelum kelahiran Karol. Dia lalu tumbuh dan dekat dengan kakaknya, Edmund, yang lebih tua 14 tahun. Pada pertengahan 1938, Karol Wojtyła dan ayahnya pindah ke Kraków dimana dia masuk ke Universitas Jagiellonian. Sambil belajar filsafat dan berbagai bahasa, dia menjadi pustakawan sukarela dan ikut wajib militer tetapi menolak menembakkan senjata. Kemampuan berbahasanya berkembang dan fasih berbicara dalam 12 bahasa, sembilan diantaranya kemudian sering dipakai ketika menjadi Paus. Bahasa Polandia, Slovakia, Rusia, Italia, Perancis, Spanyol, Portugis, Jerman, dan Inggris, ditambah dengan pengetahuan akan Bahasa Latin Gerejawi. Ketika terjadi pendudukan Nazi pada tahun 1939, universitas tempatnya belajar ditutup. Dari tahun 1940 sampai 1944, Wojtyła pun bekerja mulai dari pencatat menu, pekerja kasar tambang batu kapur, dan di pabrik kimia Solvay untuk menghindari deportasi ke Jerman.
Pada usia 20, Yohanes sudah kehilangan semua orang yang dikasihinya. Ayahnya meninggal karena serangan jantung pada 1941 sehingga Karol seorang diri dari sisa keluarga yang ada. Dia lalu mulai berpikir untuk menjadi imam. Pada Oktober 1942, pintu Wisma Uskup Agung di Kraków diketuknya. Dia lalu belajar di seminari rahasia yang dijalankan Uskup Agung Kraków, Kardinal Adam Stefan Sapieha. Tanggal 6 Agustus 1944 adalah ‘Minggu Hitam’ di mana Gestapo mengumpulkan lelaki muda agar demonstrasi di Warsawa tidak terulang. Wojtyła selamat dan lalu bersembunyi di keuskupan sampai Jerman pergi.
